Il appela à la réconciliation en faisant entendre sa voix au plus haut niveau et appeler à la raison durant cette période de l'histoire récente et douloureuse de l'histoire de la Corse, notamment lors de l'affaire Bastelica-Fesch.
Engagé dans le dialogue inter-religieux, favorable à la prise en compte des souffrances des divorcés remariés ou défenseur de la cause des sans papiers, Jean Charles Thomas était à juste titre considéré comme un homme de dialogue.
Il est l’auteur de nombreux ouvrages de réflexion historique et pastorale.
Le Cortenais, Mgr Sauveur Casanova, lui avait succédé à l'Evêché de la Corse.
Aléria et affaire Bastelica-Fesch
L'évêque Jean-Charles Thomas était l'évêque de Corse durant les années où le nationalisme a pris son essor, du 4/02/1974 au 23/12/1986 . Et il n'a pas hésité, à plusieurs reprises, à prendre part au débat, marquant toutes celles et tous ceux qui ont vécu cette époque.
Alors que la Corse est en ébullition, l'homme d'Église n'hésitera pas à sortir de la réserve la plupart du temps adoptée par le clergé concernant les affaires séculaires, et plus encore politiques. Lors des événements d'Aleria, il va jusqu'à adresser une lettre au président de la République de l'époque, Valery Giscard D'estaing, dont voilà un extrait :
"Pour peu qu'on vive en Corse et avec des Corses, on saisit et comprend que la Corse n'est pas seulement un département français parmi d'autres. Elle l'est. Mais, en même temps, et je crois prioritairement, elle est aussi une autre réalité : une histoire corse, une communauté populaire corse, un style, un ensemble d'aspirations humaines et d'habitudes. Avant d'être un département français, la Corse est psychologiquement LA CORSE."
Mais plus encore lors de la prise d’otage à l’Hôtel Fesch, il se mit au milieu de la mêlée, et s’avança entouré d’hommes qui étaient armés en se proposant de prendre la place des otages. Il s'entretiendra longuement avec les otages, ainsi qu'avec les autonomistes armés qui s'étaient réfugiés à l'intérieur de l'hôtel. Portant un message d’une paix sincère et digne, porteur d’une solution millénaire à la conflictualité, il appela les belligérants à l'arrêt des violences, et au dialogue. Au journal de 13 heures îl débattra en direct avec le ministre de l'Intérieur, Christian Bonnet.
En 2023, le cardinal François-Xavier Bustillo avait insisté sur l'importance de la prise de parole du clergé concernant l'actualité, sans pour autant franchir la ligne d'un positionnement politique ou dans des affaires de l’Etat. Il s'était lui-même exprimé à plusieurs reprises alors que la Corse s'embrasait, à la suite de la mort d'Yvan Colonna. À cette occasion, plusieurs observateurs avaient vu dans cette attitude un écho à celle de Monseigneur Thomas un demi-siècle plus tôt.
